Le Ninjutsu est né au Japon il y a très longtemps... Le terme "NINJUTSU" est composé de 2 idéogrammes (Kanji) dont les sens sont  "technique, art, méthode" et "endurance, persévérance, discrétion, furtif". Les "Ninja" sont donc des individus (Ja/Sha) endurants et discrets (Nin/Shinobu/Shinobi). Depuis les temps lointains, toutes les nations ont eu recours à des espions ou des guerriers entraînés à récolter les renseignements. Le Japon a pour particularité de codifier beaucoup de pratiques et de traditions. C'est ainsi que la tradition d'utiliser des agents infiltrés et une police secrète fut peu à peu élaborée. C'est en 660 avant Jésus Christ que l'on trouve l'une des premières traces de l'utilisation d'agents infiltrés au Japon. En ce temps, le premier empereur, Jimmu Tenno, demanda à Shinetsuhiko et à Otokasi de s'infiltrer en territoire ennemi afin de lui rapporter une argile précieuse. la mission fut un succés et l'empereur finit par vaincre son ennemi. Puis vers l'an 600 de notre ère, Otomo no Saijin reçut le premier le qualificatif de "Shinobi" (furtif, discret) de la part du prince impérial Shotoku.

Mais c'est de l'ère Chiryaku à l'ère Oho (de 1065 à 1163), que le Ninjutsu se développa vraiment à partir des enseignements de Hakku Un Doshi, Kain Doshi, Daisuke Togakure,...

Puis, au cours des siècles, le Japon fut le berceau de multiples groupes isolés qui donnèrent naissance à une multitude de traditions de Ninjutsu.

Parmi toutes ces origines, on peut citer :

De nombreux immigrés d'origine Chinoise et parfois Koréenne : Ils sont venus au Japon suite à des guerres ou des problèmes dans leur pays et ont apporté de multiples documents et enseignements parmi lesquels des traités de stratégie (Sun Tsu,...), l'art de la prestidigitation, les traditions religieuses, de multiples méthodes de combat, la poudre noire, la médecine,...On peut citer parmi eux Ibou, Cho Gyokko, Chan Busho, le clan de la famille Hatta (Hattori),...

De nombreux groupes d'artistes ou de nomades : De multiples groupes d'artistes et de saltimbanques, parfois nomades ou équivalants à nos gitans européens ont apporté leurs traditions : Prestidigitation, acrobaties, lancer de couteau, jonglerie... mais aussi les penchants extrèmes que connaissent de tels groupes : vol et travail de force pour les hommes, séduction et prostitution pour les femmes, volonté d'autonomie du groupe ,...

De nombreux religieux : De multiples ascètes, religieux et autres prêtres ou chamans (Sennin, Gyoja, Yamabushi,...) ont apporté leurs connaissances spirituelles et guerrières, leurs méthodes de contrôle de soi et leurs croyances à ces groupes. Ils vivaient souvent dans les montagnes et formaient de petits clans.

De nombreux guerriers : Beaucoup de guerriers (Samurai, Bushi, Buke, Ronin,...) se sont réfugiés dans les montagnes après avoir été blessés sur un champ de bataille, ou bien chassés par un ennemi de leur territoire, ou encore après la mort de leur maître. Ces guerriers ont apporté leur connaissance du combat et de la stratégie, ainsi que leur culture générale.

Toutes ces influences se sont mêlées et ont donné naissance à des groupes d'individus ayant les mêmes traditions et aspirations, vivant en général en autonomie à l'écart des villes, et louant leurs services au seigneur local ou au gouvernement militaire. De tels groupes avaient souvent pour but de continuer à vivre au contact de la Nature, de rester indépendants du pouvoir en place, et de se spécialiser en renseignements, stratégie, espionnage, ainsi que dans les interventions "commando".

Dans ces périodes de guerre incessantes, l'attitude du pouvoir en place était tantôt de les attaquer (ou plutôt de chercher à les soumettre car ils refusaient d'obéir aux ordres), tantôt de les utiliser car les grands seigneurs avaient néanmoins un besoin vital de leurs services...

De multiples groupes virent ainsi le jour (Suppa, Rappa, Iga mono,...) et deux régions du Japon furent complètement contôlées par ceux-ci : Iga et Koga. Selon la tradition orale transmise par Takamatsu Sensei, on comptait dans ces régions pas moins de 73 écoles (Ryu).

Leur nombre augmenta à un tel point, qu'en 1581, le général Oda Nobunaga, craignant pour sa vie, ordonna aux Ninja de Iga-Ueno de se séparer. Comme ils n'obéissaient pas, il attaqua les 4000 Ninja d'Iga avec 12 000  hommes. La bataille fut cependant remportée par les Ninja. Quelques temps plus tard, Oda Nobunaga revint à l'attaque avec 46000 hommes et des mousquets. la bataille dura une semaine et le général eut finallement raison des courageux Ninja. beaucoup d'entre eux moururent mais certains parvinrent à s'échapper dont le célèbre Sandayu Momochi...

Le pouvoir des Ninja se conforta à nouveau quelques années plus tard, quand Ieyasu Tokugawa (pourtant ancien bras droit de Nobunaga) fut aidé par Hanzo Hattori, chef Ninja de Iga, alors qu'il était sur le point d'être capturé par son ennemi. Lorsque Ieyasu Tokugawa devint Shogun en 1603, il n'oublia pas son fidèle allié et lui confia la gestion de la sécurité du pays. Les Ninja de Iga furent ainsi employés par les autorités et ils continuèrent à se développer...

Les Ninjas, bien que toujours utilisés ensuite, sont peu à peu retournées dans l'ombre et leurs connaissances se sont ensuite transmises de générations en générations.

Au fur et à mesure que la paix relative gagnait le Japon, de nombreuses traditions martiales furent abandonnées et les clans Ninja étaient de moins en moins nécessaires au fonctionnement du gouvernement (bien qu' encore employés épisodiquement). Beaucoup de familles abandonnèrent les traditions martiales pour se tourner vers une vie plus moderne et plus paisible. Les derniers maîtres ou pratiquants de Ninjutsu étaient contraints d'accepter de maigres missions de renseignements, ou encore un emploi de garde du corps, d'instructeurs, ou de policiers.

Lors de l'avênement de l'ère Meiji (1868), le gouvernement axa son développement sur le modèle occidental, révocant la caste des guerriers et le port des sabres. C'est à cette époque que naquit Takamatsu Sensei. Il reçut l'enseignement de son grand père Toda Sensei (descendant direct des Ninja de Iga) et de plusieurs autres experts qui en firent son héritier. Il eut l'occasion de mettre son art en pratique au Japon mais également en Chine, lors de séjours parfois mouvementés. Il mourut en 1972, Maître Hatsumi avait hérité de ces traditions, qu'il ouvrit peu de temps après à l'occident. L'école BUJINKAN est à ce jour la seule école Japonaise reconnue comme ayant des racines historiques anciennes, réelles, et qui enseigne toujours les traditions du NINJUTSU dans son programme...